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1903年3月，应蔡元培之请，正在杭州闭门著述的章太炎前来爱国学社讲学，任高年级国文教员。不久，邹容从日本来沪入住爱国学社。两位著名排满革命思想家的相继到来，以及《苏报》的适时改版，使民主革命思想的传播更加如火如荼。
此间，黄宗仰与章太炎、邹容交接相识，志趣相投，结下了笃深的友谊。当年5月，章太炎为邹容所写《革命军》一书作序，黄宗仰协同诸人慨然出资，助其刊行。
为配合风潮激荡的学生运动并给予舆论上的积极引导，《苏报》自1903年2月起特辟“学界风潮”专栏，及时报道各地学堂的黑暗腐败现象，支持进步师生反对专制和压迫的斗争。对于《苏报》上持续报道的学潮动态，黄宗仰从一开始就以极度的敏感给予了热切关注。在一首《读“学界风潮”有感》诗里，他以“革除奴才制造厂，建筑新民军国营”的明快之句，对各地学潮寄托厚望，也对《苏报》给予了高度评价。6月1日，爱国学社学生章士钊出任《苏报》主笔，加强了宣传革命言论的力度，尤其是接二连三地刊载了介绍《革命军》的一系列文章以及章太炎所著《驳康有为论革命书》的主要部分。昌言无忌的舆论宣传，使爱国运动迅速向革命的方向发展，也引起了清政府极度的惊慌。在先后开出的两次缉捕名单上，第一次为蔡元培、吴敬恒和东京军国民教育会特派员钮永建、汤槱等四人；第二次，黄宗仰和蔡元培、陈范、冯镜如、章太炎、吴敬恒等一并列入。为此，租界工部局曾多次传讯上述诸人。此后清政府加紧镇压行动，查封《苏报》馆和爱国学社。6月30日，章太炎被捕，邹容愤然投案入狱，终于酿成“苏报案”。
一时间，旅居上海的革命派人士被迫四处离散。黄宗仰虽在指名通缉之列，仍冒险独留上海，设法营救章、邹两人，奔走无效后，不得不东渡日本避难。
就在1903年夏黄宗仰避居日本后不久，奔走海外的孙中山也在这一年的七月底由越南来到横滨，住在原广州博济医院老同学廖冀朋开设的振华商店楼上。黄宗仰甫抵东瀛，慕名往访，孙中山与他一见如故，雅相推重，特辟楼下一室给黃宗仰居住，从此开始了他俩同志般的革命情谊。
此时留日学生中的革命思潮日益高涨，孙中山的远道而来更使他们群情振奋。留日学生马君武、刘成禺、程家柽、杨度等数十人以及侨商黎炳垣、张果，日人宫崎寅藏、日野熊藏、小室健次郎等多有来访，孙中山与新兴知识阶层频频交往，商讨革命。与孙中山朝夕相处的五十多天日子里，黄宗仰也和革命党人有了广泛的接触。期间他以画梅自遣，就其居室墙上，绘有一幅巨大的梅花壁画，枝干盘屈，繁花灿烂，见者无不啧啧称赏。
为扫除海外保皇势力，孙中山于9月26日离开日本去檀香山，随后再赴美国。临行前，黄宗仰慨然助其旅费200元，并设宴饯行，赠诗一首：
伫看叱咤风云起，不歼胡虏非丈夫。
握手与君五十日，脑中印我扬子图。
举华剑气凌江汉，姬姒何以复故吾。
此去天南翻北斗，移来邗水奠新都。
（中央：《饯中山》）
横滨话别后，黄宗仰与孙中山虽遥遥相望，仍保持了密切的书信联系。当10月初孙中山抵达檀香山后，黄宗仰就有致函问候。12月孙中山回复一札，内称：“弟等同志，向来专心致志於兴师一事，未暇谋及海外之运动，遂使保皇纵横如此，亦咎有所不能辞也。今当乘此余暇，尽力扫除此毒，以一民心，民心一财力可以无也。务望在沪同志，亦遥作声援，如有新书新报，务要设法多寄往美洲及檀香山分售，使人人知所适从，并当竭力大击保皇毒焰於各地也。”（孙中山《复黄宗仰函》）冀望于海内外革命力量携手相应，加强合作宣传，力辟保皇谬论。1904年3月，孙中山赴旧金山演讲革命，黄宗仰随之寄函，至6月孙中山回函。信中对上海同志和东京留学生情况，对原《苏报》馆主陈范在横滨设馆以便联络各地志士事宜多有关切，并催请黄宗仰“在东有暇，亦望与此处致公党并《大同报》馆通消息，以鼓舞人心，则更可增多热力也”。（孙中山《复黄宗仰函》）可以推断，从上海亡命日本的黄宗仰，显然被孙中山视为江浙革命派的中心人物之一，黄宗仰也成了孙中山策应江浙革命派的重要联络人。
羁旅海外期间，黄宗仰还热心资助留日学生创办的《江苏》杂志，并参与了该刊编辑工作。此间刊载的多篇诗作，如《〈驳康书〉书后》、《〈革命军〉击节》、《饯中山》等，表达敬慕之情，抒发革命之志，无不衬托出他献身革命的抱负。
1903年冬，黄宗仰由日本潜返上海，继续从事讲道兴学活动。受哈同夫妇的委托，全面主持设计建造爱俪园的工作。
爱俪园，俗称哈同花园，是哈同在上海的私产。黄宗仰别具匠心，更有文化眼光，园景设计以仿《红楼梦》里的大观园为主，西式为辅。自1904年开工，至1910年落成，历经6年，全园占地171亩，分内园与外园，内园有黄海涛声、“欧风东渐”钟楼、天演界剧场等，外园有渭川百亩、大好河山、水心草庐等三大景区，景点不下60多处。园内假山玲珑剔透，小溪碧波荡漾，楼台金碧辉煌，亭阁古色古香，景色幽雅宜人。随后，黄宗仰应邀主持园中特辟的“频伽精舍”，讲授梵典，弘扬佛法。爱俪园也从此成为“十里洋场”众所瞩目的景观，有“海上大观园”之称。本着佛法救世的思想，从1908年起，黄宗仰又在爱俪园里发起组织并主持了近代规模最大的《大藏经》校刊工程。
《大藏经》是佛教一切经典的总称，主要内容由经、律、论三部分构成，又称《三藏经》。佛经在中国的流传，自汉至唐主要靠写本而传；北宋开宝年间始刻蜀版《开宝藏》起，进入大规模刻印藏经阶段。后经元、明、清各代，朝野所刻《大藏经》共有16次。但历时久远，流传不广。黄宗仰认为，自佛教传入中国，世人以出家为厌世，视佛教为迷信，以至社会上相沿成袭，訾为异端。究其原因，主要在于佛典隐晦，佛理未彰。为此，在哈同夫妇的大力资助下，他力任其事，并延聘汪德渊、余同伯、黎端甫、江月斋等三十余人协助校刊。从编制预算到计划工程，从选购材料到联系承印厂商，无间寒暑，极补苴挹注之苦。至1913年3月刊印完成。全藏以日本弘教书院编印的《缩刷藏经》为底本略作变动，依千字文编次，自天地玄黄起，至露结为霜止。《频伽藏》入经1916部，8416卷，分订为414册，合40函，成为中国历代收经书种类最多的三大佛藏之一，也是中国近代第一部用铅字排印、标点断句，最具实用价值的大藏经，对于近代弘扬佛教文化产生了重要的影响。
不仅于此，为振兴传统佛教，黄宗仰还著书立说，力究宗乘精奥，力倡佛理本旨。认为传统佛教当从复古清规、兴新教育、裁制剃度、革除赴应等方面加以因势利导的改革。针对民初违背约法、侵夺自由的种种事象，提出以佛教为激发国民道德扬我民族精神的重要元素。1913年，黄宗仰特邀著名佛学教育家月霞法师前往爱俪园，开办了中国近代第一所佛教大学华严大学。学校实行兼修内外学、修持与教学并举的办学模式。虽说后来因故停办，但培养了一批著名的寺僧人才，在近代佛教教育史上有着重要的地位。
